La vicenda contemporanea della Cappella musicale di S. Petronio ha inizio negli anni ’80 del ‘900; dopo mezzo secolo di silenzio, essa è stata rifondata con due finalità istituzionali: promuovere il decoro della liturgia attraverso il canto e la musica sacra; riscoprire e valorizzare il patrimonio musicale conservato nel ricchissimo archivio della Basilica.
Con l’intento di perseguire al meglio questo secondo obiettivo, la Cappella si è dotata di un’orchestra con strumenti originali, la prima d‟Italia, e ha instaurato una solida collaborazione con i più accreditati interpreti della cosiddetta ‘musica antica’: tale impostazione ha reso possibile la riproposizione storicamente informata di molti capolavori dimenticati, restituiti all’ascolto del pubblico secondo criteri esecutivi e, dunque, con esiti sonori più fedeli possibili a quelli in essere all’epoca della loro composizione. D’altra parte, in S. Petronio si conservano intatti la grande cantoria a ferro di cavallo e i due inestimabili organi di Lorenzo da Prato (1475) e Baldassarre Malamini (1596): sono giunti sino a noi non solo le fonti musicali ma anche lo spazio esecutivo originale e gli strumenti storici.
La Cappella ha tenuto concerti in tutt‟Europa e vanta un‟ampia discografia; l’ultimo CD, dedicato alla Messa a tre cori di Giacomo Antonio Perti, è stato pubblicato da Dynamic nel 2012 e ha ottenuto il riconoscimento dei ‘5 diapason’ dalla più autorevole rivista musicale francese.